Bahagian Amalan Perubatan merupakan salah satu daripada empat bahagian di bawah Program Perubatan yang diketuai oleh Timbalan Ketua Pengarah Kesihatan (Perubatan).Bahagian Amalan Perubatan dibahagikan kepada beberapa cawangan iaitu Cawangan Kawalan Amalan Perubatan Swasta, Cawangan Medico Legal, dan Cawangan Penggubalan Akta. Ia juga merupakan sekretariat kepada Majlis Perubatan Malaysia, Majlis Optik Malaysia, dan Lembaga Pembantu Perubatan.